| 西暦 | 年号 | 事柄 |
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| 1536 | 天文5 | 開山 天海大僧正 誕生 |
| 1622 | 元和8 | 德川秀忠、上野台地を天海に与える。 |
| 1625 | 寛永2 | 寛永寺、德川家の祈祷寺として開創。本坊落成「寛永寺円頓院」の勅額を賜る。 |
| 1627 | 寛永4 | 常行堂・法華堂・輪蔵・東照宮・仁王門・多宝塔・三十番神社等建立。 |
| 1630 | 寛永7 | 釈迦堂建立。この頃、不忍池辯天堂初建。 |
| 1631 | 寛永8 | 五重塔・鐘楼・漆喰大仏・祇園堂・清水観音堂建立。 |
| 1636 | 寛永13 | 日光山の本地堂を寛永寺に移し元三大師を安置す。 |
| 1637 | 寛永14 | 天海版一切経、刊行開始。山王社建立。 |
| 1639 | 寛永16 | 薬師堂・五重塔焼失。直ちに再建。 |
| 1643 | 寛永20 | 天海、東叡山において入寂。第2世公海大僧正ご就任。寛永寺に住して日光山を兼務す。 |
| 1648 | 慶安元 | 天海に「慈眼大師」勅諡。天海版一切経完成。 |
| 1654 | 承応3 | 第3世守澄法親王ご就任。東叡・日光・比叡の三山を管掌す。 |
| 1655 | 明暦元 | 守澄法親王、「輪王寺」門室号を賜る。 |
| 1680 | 延宝8 | 德川家綱、寛永寺に葬られる。これより寛永寺が德川家の菩提寺を兼ねる。 |
| 1681 | 天和元 | 厳有院殿（家綱）霊廟造立。 |
| 1682 | 天和2 | 了翁禅師、東叡山勧学講院を興す。 |
| 1697 | 元禄10 | 文殊楼建立。 |
| 1698 | 元禄11 | 根本中堂落慶、「瑠璃殿」の勅額を賜る。 |
| 1709 | 宝永6 | 德川綱吉が葬られる。常憲院殿（綱吉）霊廟造立。 |
| 1735 | 貞享20 | 放光堂建立。 |
| 1751 | 寛延4 | 德川吉宗が葬られる。 |
| 1786 | 天明6 | 德川家治が葬られる。 |
| 1841 | 天保12 | 德川家斉が葬られる。 |
| 1856 | 安政5 | 德川家定が葬られる。 |
| 1867 | 慶応3 | 第15世公現法親王ご就任。 |
| 1868 | 慶応4 | 公現法親王、東叡山を退く。同日兵火により、根本中堂・本坊・多宝塔・輪蔵・鐘楼等、山内の大半を焼失。 |
| 1870 | 明治3 | 東京府、寛永寺境内神社関係建築物撤去を命ず。輪王寺門跡号廃止。 |
| 1873 | 明治6 | 東叡山跡地、上野公園用地に指定。 |
| 1879 | 明治12 | 川越喜多院の本地堂を新たな根本中堂として移築再建。 |
| 1885 | 明治18 | 「輪王寺」門室号の復称許可。 |
| 1923 | 大正12 | 唐銅大仏、震災で倒壊、解体される。 |
| 1945 | 昭和20 | 東京大空襲にて德川家霊廟・子院多数・不忍池辯天堂焼失。 |
| 1958 | 昭和33 | 浅間山観音堂建立、不忍池辯天堂再建。 |
| 1963 | 昭和38 | 德川家御霊殿再建。 |
| 1966 | 昭和41 | 上野大仏山パゴダ建立。 |
| 1968 | 昭和43 | 不忍池大黒堂再建。 |
| 1993 | 平成5 | 開山堂再建。輪王殿開館。 |
| 2003 | 平成15 | 天海版木活字、重要文化財に指定。 |
| 2013 | 平成25 | 旧本坊表門修復完工。 |
| 2014 | 平成26 | 葵の間修復完工。 |
| 2025 | 令和7 | 開山400周年。 |
